Mağara Köyü, Midyat ilçesine bağlı bir köydür ve adını, bölgedeki doğal mağaralardan almaktadır. Mağara Köyü'nün tarihi, yaklaşık 2000 yıl öncesine kadar uzanmaktadır. Köydeki mağaralar, geçmişte insanların barınması ve yaşaması için kullanılmıştır.
Mağara Köyü, özellikle son yıllarda turizm açısından popüler hale gelmiştir. Mağaralar, doğal güzellikleri ve tarihi dokusuyla turistlerin ilgisini çekmektedir. Köyde, mağaraların yanı sıra, geleneksel Midyat evleri, tarihi kiliseler ve manastırlar gibi birçok turistik yer bulunmaktadır.
Mağara Köyü'nün yerleşim yerleri, mağaraların içindeki doğal yapıya uygun olarak inşa edilmiştir. Mağaraların içinde, günümüzde de insanlar yaşamaktadır ve bu mağaralar modern ihtiyaçlara uygun şekilde düzenlenmiştir. Köyde ayrıca, yöresel yemeklerin tadına bakabileceğiniz restoranlar ve el sanatları ürünlerinin satıldığı dükkanlar da bulunmaktadır.